特大暴雨来袭后，江河水位高涨，积水不能有效排除造成水涝灾害。水涝灾害一旦发生后，会带来一系列的环境卫生问题。生活垃圾、厕所、粪堆、污水和工农业有毒有害物质会污染水源，牲畜和养殖禽类大量死亡后的尸体也会造成水源及供水系统的严重污染。若水处理不当，就会对生活饮用水造成污染。水涝造成的环境恶化，可能导致蚊蝇大量滋生，鼠类活动频繁。不洁的饮食饮水则会导致肠道传染病和中毒的风险。
   水涝发生后，应采取以下防护措施：自觉保护饮用水源，确保水源水不受粪便污水、垃圾、农药、化肥及其他工业污染源的影响，尸体、有毒有害物品仓库要远离水源；水井应进行排空后消毒处理；不饮用来源不明的水，饮用水必须经过消毒处理方可饮用；自来水是已经消毒过的水，但还是应煮沸后饮用为好；不用浑浊、有颜色的水洗漱；水桶水缸要勤刷洗。
   被水淹没过的区域要开展随时消毒和终末消毒工作。消毒剂溶液浓度要严格按照使用说明进行配比。及时对水浸没过的部位进行全面的清理，然后用含氯消毒剂消毒。通过无害化厕所、高温堆肥、密闭贮存发酵和化学处理方法对粪便进行无害化处理。垃圾及时清理、专人收集、集中堆放和消毒处理。动物尸体可用漂白粉或生石灰处理后进行深埋。
   要及时开展灭虫工作，控制蚊蝇滋生。可进行药物喷洒、使用捕蝇笼灭蚊灯等杀灭蚊蝇。在封闭的室内环境上可装上纱门纱窗或使用室内驱蚊药物来防止蚊虫侵害。做好粮食储存,断绝鼠粮，做好灭鼠工作。